Le guano qui se délite avec le temps devient une poussière fine qui peut incommoder certaines personnes. Par ailleurs, les tas de guano peuvent se révéler être un terrain favorable au développement d’acariens et entraîner des inflammations des voies respiratoires voire s’avérer allergènes pour l’humain, au même titre que d’autres allergènes. Il est recommandé d’utiliser des équipements de protection individuels (masques et gants) lors de la manipulation de guano.